آنالیز افتراق بیان ژنی مربوط به سرطان پاپیلاری تیروئید پایگاه داده TCGA به منظور معرفی بیومارکرهای فیبرو بلاستی مرتبط با سرطان

به گزارش اخبار توسعه، دلیل اصلی ایشان برای انتخاب این طرح تحقیقاتی این بود که در پروژه ای که پیش از این بر روی داده های بیان ژنی سرطان پاپیلاری تیروئید مربوط به 507 بیمار موجود در پایگاه داده The Cancer Genome Atlas (TCGA)  انجام شده بود، تمرکز اصلی بر روی تغییر الگوی بیان ژنی بین مراحل ابتدایی و مراحل  پیشرفته این سرطان بود که نتایج جالبی از این پروژه حاصل شده بود.

از آنجایی که نقش فیبروبلاست‌های مرتبط با سرطان  به عنوان اجزای حیاتی ریزمحیط تومور که به پیشرفت تومور، فرار سیستم ایمنی و مقاومت درمانی در سرطان‌های مختلف کمک می‌کنند پیش از این به خوبی نشان داده شده است، در این مطالعه هدف اصلی بررسی الگوهای بیان پروتئین‌های مرتبط با فیبروبلاست در مراحل بالینی سرطان پاپیلاری تیروئید، برای درک بهتر نقش آنها در پیشرفت بیماری بود. در این پژوهش تمامی آنالیز های بیوانفورماتیک مورد نیاز و نیز تجزیه و تحلیل نتایج توسط ایشان انجام شد. دکتر مریم اقبالی نیز با مرور منابع موجود فهرست کاملی از فیبروبلاست های مرتبط با سرطان شناسایی شده را آماده کردند.

همچنین در مراحل مختلف از راهنمایی های ارزنده دکتر محمد ابراهیم خمسه استفاده شد. این پژوهش با هدف درک تغییرات الگوهای بیانی مرتبط با سرطان در مراحل مختلف سرطان پاپیلاری تیروئید انجام شد. مرحله 1 بیشترین تعداد فیبروبلاست‌های مرتبط با سرطان تغییر بیان یافته را نشان داد. در مرحله 2، فعالیت رونویسی و الگوی بیان فیبروبلاست‌های مرتبط با سرطان به طور قابل توجهی کاهش یافت. مرحله 3 فعال شدن مجدد فیبروبلاست‌های مرتبط با سرطان  را نشان داد، که بسیاری از آنها با ژن‌های تنظیم‌شده در مرحله 1 همپوشانی داشتند.

مرحله 4 حداقل تغییرات را در بیان فیبروبلاست‌های مرتبط با سرطان  نشان داد. در مجموع یافته های این پژوهش نشان می دهند که فعالیت فیبروبلاست‌های مرتبط با سرطان پاپیلاری تیروئید بصورت خطی نبوده، بلکه روند تکاملی پویایی را در طی پیشرفت بیماری از مراحل پایین به بالا نشان می دهند. ویژگی مرحله 1 و مرحله 3 سیگنال دهی مشخص وابسته به فیبروبلاست ها را نشان می دهند. درک این تغییرات می تواند کمک شایانی به انتخاب زمان شروع درمان و همچنین طراحی درمان هایی که استروما را هدف قرار می دهند، کند. به ویژه درمان هایی که هدف آنها مهار مسیرهای سیگنال دهی مشتق شده از فیبروبلاست ها و یا آنزیم های بازآرایی ماتریس خارج سلولی است.

ایشان افزودند: تغییرات بیان ژنی مشاهده شده در مراحل مختلف  سرطان پاپیلاری تیروئید با آنالیز نمونه های موجود در پایگاه داده TCGA بدست آمده بود. نمونه های این پایگاه  مربوط به نژاد های مختلف و مناطق جغرافیای  مختلف جهان می باشد. بنابراین در ابتدا لازم است که تغییرات بیان ژنی فیبروبلاست های مرتبط با سرطان در این پروژه در بیماران ایرانی بررسی و تایید شود. این امر نیاز به وجود بانک نمونه با تعداد بالای نمونه سرطان دارد که متاسفانه در حال حاضر چنین منبعی حداقل برای سرطان تیروئید و بخصوص مراحل پیشرفته این بیماری موجود نیست . علاوه بر این هزینه بالای مواد مورد نیاز برای تاییدیه مولکولی همواره مانعی بزرگ به منظور تکمیل و تایید پروژه های بیوانفورماتیک بوده است. پس از تایید مولکولی تغییرات بیان ژنی مشاهده شده در فیبروبلاست های مرتبط با سرطان پاپیلاری تیروئید در مراحل ابتدایی و پیشرفته این نوع سرطان در بیماران ایرانی می توان از آنها به عنوان بیومارکرهای تشخیصی در تشخیص مرحله بیماری در بیماران مشکوک استفاده کرد. این امر به اتخاذ استراتژی های درمانی مناسب و به موقع کمک شایانی خواهد کرد.

دکتر حسین خان اضافه کردند خوب است متولیان امور پژوهشی ترتیبی فراهم آورند که بانک نمونه جامع و استانداردی برای نمونه های بافتی سرطان های مختلف ایجاد شود تا امکان استفاده از این منبع برای پروژه های مختلف تحقیقاتی فراهم شود. در عین حال به نظر میرسد که با توجه به نوسانات شدید نرخ ارز در کشور نیاز است که بودجه طرح های پژوهشی متناسب با این نوسانات افزایش یابد. در غیر اینصورت امکان همگام بودن با دانش روز جهان و کاربردی کردن نتایج پروژه های پژوهشی وجود نخواهد داشت.

در پایان ایشان خاطر نشان کردند که گروه پژوهشی ایشان مصمم است که سرطان تیروئید و سایر سرطان های مرتبط با غدد درونریز را که فراوانی بالای در کشورمان دارد از جنبه های مختلف مولکولی بررسی کند و با معرفی بیومارکرهای تشخیصی و درمانی کمک به شناسایی زودهنگام و کنترل به موقع این بیماری ها کند.